一、分行
雖然分公司和總公司的關系類似于子公司和母公司的關系。但分公司的立法威望與子公司幾乎不一樣，沒有獨立的立法威望。分公司是指在總行領導下，為從事經營、管理和娛樂活動所必需的分公司或附屬政府機構。分公司雖然有公司蓋章，但不是真正意義上的公司。因為分公司不具備中小企業法人資格，不具備獨立的立法威望，不獨立承擔民事責任。
第二，子公司
子公司是與母公司相對應的基本立法概念。子公司具有法人地位，可以獨立承擔民事責任，這是子公司與分公司最重要的區別。
母公司和子公司是獨立法人，子公司受母公司控制。根據股東大會的多數表決標準，你擁有的股份越多，你就越能獲得公司外交事務的決策權。一般來說，母公司控制子公司是基于股份占有或控制協議。
三.上海
的好處
(1)子公司為獨立有限責任法人；
(2)被調查并上報給母公司的中小企業研究成果僅限于制造、經營、管理、娛樂活動等各個方面，分公司應對綜合情況進行調查并上報總行；
(3)子公司為獨立法人，個人所得稅獨立征收。子公司可以享受東道國為其村民提供的稅收優惠待遇，包括免稅期，而分公司是中小企業的樞紐之一，東道國大多拒絕為其提供更好的優惠；
(4)當東道國航運公司注銷清算報告且稅收低于居住國時，子公司注銷清算報告，公司累計利潤可獲得延期支付的利益；
(5)子公司的利潤匯回母公司比母公司的利潤更靈活，即母公司的融資收益和資產收益可以保留在子公司，或者在稅率較高時匯回，以獲得額外的稅收個人利益。
(6)許多國家的子公司向母公司支付的股息都明確規定了應減免代扣所得稅。
四.上海
的好處
(1)分支機構一般操作管理方便，國際會計制度要求簡單；
(2)分公司承擔的費用可能低于子公司承擔的費用；
(3)分公司不是獨立法人的，流轉稅在居民處繳納，利潤由總公司繳納。在經營管理的后期，分行經常虧損，但其虧損可以抵消總行的利潤，減輕稅務負擔；
(4)一般來說，分行交付給總行的利潤不需要繳納代扣所得稅；
(5)對于分公司與總公司之間的資產轉讓，公司的注銷清算報告不涉及產權變動，無需納稅。
綜上所述，上海分公司注冊和上海分公司注冊在納稅個人利益上是有區別的，但至于如何選擇，則是根據中小企業可持續發展的需要來確定，看哪一個更適合你的中小企業。