一、引起公司稅務異常的原因：
1.不按時記賬報稅，公司沒有實際經營，不代表不需要記賬報稅。一旦長時間沒有記賬報稅的稅務信息，就會出現異常，以至于公司實際經營時無法開具發票。
2.長期零申報一般不操作，即使在虧損期。
會選擇零申報；零申報其實是一件很平常的事情，但是如果長期進行零申報，可能會被稅務列入“逃跑戶”，嚴重的甚至會被稽查。連續六個月零申報，稅務機關可吊銷稅務登記證，個別稅務機關將按無效戶處理；
3.經營地址異常如果公司地址未經工商登記變更，會因為主管稅務機關沒有重新分配而影響納稅申報，造成公司納稅異常；
4.法律禁止逃稅；一旦稅務局發現公司有偷稅漏稅行為，會對公司進行處罰；在繳稅之前，公司的稅務信息會顯示異常。
二、企業出現稅務問題的處理方法：
1.企業提供異常納稅情況的說明和解除異常納稅情況的正當理由；
2.如果沒有繳納，可以通過報關單失效功能使原申報失效，然后重新申報；如果已經繳納，納稅人可以通過申報糾錯功能進行更正。錯誤更正后，系統會根據申報前后的信息自動判斷需要退還的金額；
(1)如果退稅金額為正，系統會自動生成待繳納的余額稅，納稅人可以在繳納期內通過繳費功能繳納稅款，但如果超過繳納期，則需要在大廳繳納；
(2)應退金額為負數，即出現多繳稅款的情況，請納稅人向主管稅務機關申請辦理退稅手續；
(3)如果應退稅額為零，系統會自動調整申請數據，納稅人無需繳稅或辦理退稅流程。
3.辦稅服務廳接收申請材料，核對納稅人提交的材料是否齊全、符合法定形式，符合要求的予以受理，不符合要求的予以駁回，并告知納稅人應補充資料或受理理由(部分地區需提供租賃合同、租賃證明或場地使用證明及近3個月的水電費)；
4.相關部門調查核實相關信息；
5.納稅人進行補充申報，繳納稅款、滯納金和罰款；
6.辦稅服務廳根據管理部門的反饋，在納稅人進行補充申報、繳納稅款、滯納金、罰款后，發布納稅人異常狀態；
7.對稅務登記證件被宣布失效的納稅人，應當收繳并換發原稅務登記證件。